在《宠物小精灵剧场版13》中，皮卡丘和伙伴们迎来了一次前所未有的挑战。影片围绕着一只神秘的时之神展开，它拥有操控时间的能力。主角小智与他的朋友们意外卷入了一场跨越时代的危机，必须通过解开谜题来阻止一场可能毁灭世界的灾难。

故事从一个小村庄开始，村民们世代守护着时之神的遗迹。然而，一个邪恶组织企图利用时之神的力量统治世界。为了保护大家的安全，小智和他的精灵们踏上了寻找真相的旅程。旅途中，他们不仅遇到了各种强大的对手，还学会了如何更好地团结协作。

最终，在皮卡丘的帮助下，小智成功唤醒了时之神，并借助它的力量恢复了被破坏的时间秩序。影片以温馨的画面和感人的音乐结束，传递出友情与勇气的重要性。这不仅仅是一部关于宠物小精灵的动画电影，更是一场充满智慧与情感的成长之旅。