故事开始于一艘神秘的“海怪”在海上肆虐，它不仅撞毁了多艘船只，还让无数生命陷入危险。为了查明真相，阿龙纳斯教授受邀请加入了一次追捕行动。然而，在追逐过程中，他们的船不幸遭遇撞击而沉没，三人侥幸逃生，却发现他们竟然成为了这头“海怪”的俘虏。

原来，所谓的“海怪”是一艘名为“鹦鹉螺号”的先进潜艇，由天才工程师尼摩船长秘密建造并驾驶。尼摩船长性格孤傲且充满智慧，他对海洋有着深深的热爱，同时也怀揣着对人类社会复杂情感的矛盾心理。在接下来的十个月里，“鹦鹉螺号”带领阿龙纳斯一行人穿越了全球各大洋，从南极冰川到深海珊瑚礁，从亚特兰蒂斯遗迹到大西洋海底隧道，每一段航程都充满了惊险刺激和科学奇观。

在这段旅途中，阿龙纳斯不仅见识到了海底世界的壮丽美景，也目睹了尼摩船长利用潜艇进行的一系列神秘活动，包括救助受压迫者、反抗殖民主义等行为。同时，他也逐渐了解到尼摩船长内心的痛苦与挣扎——他曾因个人悲剧而选择远离陆地，以一种隐秘的方式守护着正义与自由。

最终，在一次突如其来的风暴中，“鹦鹉螺号”被困在一个巨大的漩涡中。阿龙纳斯等人抓住机会成功逃脱，并将这段不可思议的经历公之于众。然而，关于尼摩船长及其潜艇的命运，则成为了一个永远未解的谜团。

《海底两万里》以其丰富的想象力、严谨的科学知识和深刻的人文思考，成为一部跨越时代的经典之作。它不仅是一部扣人心弦的冒险小说，更是一部启迪人们探索未知、思考人性与自然关系的伟大作品。